测序数据处理工作包内共开发了15款小工具,归纳总结为三大类:
1.纳米孔数据处理小工具
2.fq/fa处理小工具
3.Bam/sam处理小工具
测序数据处理工作包提供纳米孔数据转化,多样本拆分分析,数据的相互转化、统计、提取、去重、过滤等分析。
产品特点
(一)fast5转fastq
1.提供便捷的basecalling和多样本拆分功能;
2.fast5数据文件可以递归搜索
3.芯片类型支持R9.4,R10.3以及R10.4+Q20
4.转化模式支持快速转化(FAST)、高准确转化(HAC)以及超高准确率转化(SUPER)
5.提供多样本试盒列表,同时支持自定义试盒,满足多样化的需求
6.支持去接头和barcode序列
(二)自定义barcode拆分
(三)接头和barcode序列去除
(四)fq/fa相互转换
(五)数据基础统计
(六)序列去重
(七)序列条件过滤
(八)序列合并与拆分
(九)序列转换
(十)序列挑选
1.提供便捷的目标序列挑选功能
2.支持fastq和fasta数据格式
3.子序列的输入允许简并碱基的输入
4.序列匹配方式多:正反向、仅正向、仅反向
5.支持容错碱基个数调整
6.优先兼并碱基,再考虑容错碱基个数
(十一)bed位置提取
(十二)linux与win格式转换
(十三)序列提取
1.提供便捷的比对序列提取功能
2.提供“提取比对上序列”和“提取未比对上序列”两种分析模式
3.数据提取结果文件,支持以fastq和fasta格式保存
4.提取标准,提供“次优比对”和“局部比对”选择
5.输入数据,支持bam和sam文件格式,以及单端和双端数据
更多访问:
https://www.chem17.com/st525799/product_36936431.html
http://www.hzbytech.cn/Products-36936431.html
纳米孔测序